ناوالنی پس از پیاده روی در روز جمعه احساس ناخوشی کرد و تقریبا بلافاصله از هوش رفت. کادر پزشکی بلافاصله بر بالین ناوالنی حاضر شده، اما نتوانستند او را احیا کنند.
«الکسی ناوالنی»، اپوزیسیون و مخالف سرسخت ولادیمیر پوتین روز جمعه ۱۶ فوریه (۲۷ بهمن) درگذشت. او در منطقه «یامالو-نِنِتس» روسیه دوران محکومیت خود را سپری میکرد. در بیانیهای که این زندان پس از مرگ وی منتشر کرد آمده است: ناوالنی پس از پیاده روی در روز جمعه «احساس ناخوشی» کرد و «تقریبا بلافاصله از هوش رفت». در این بیانیه همچنین آمده است که کادر پزشکی بلافاصله بر بالین ناوالنی حاضر شده، اما نتوانستند او را احیا کنند.
به گزارش دنیای اقتصاد به نقل از سی. ان. ان، او در سال ۲۰۲۰ هم با گاز اعصاب مسموم شده بود، اما جان به در برد. این گزارش او را «خاری در پهلوی» ولادیمیر پوتین نامیده و نوشت که او به فساد در عالیترین سطوح میتاخت. او به «حزب روسیه متحد» میتاخت و تظاهرات ضد فساد را در سالهای اخیر در روسیه رهبری میکرد.
او در سال ۲۰۲۱ به روسیه بازگشت، اما به اتهامهای سیاسی دستگیر و روانه زندان شد. او در ماه اوت پس از متهم شدن به تامین مالی کنشگران افراطی و دیگر جرائم به ۱۹ سال زندان محکوم شد. او در یکی از امنیتیترین زندانها محبوس بود. حامیان ناوالنی میگویند که دستگیری و زندانی شدن او با انگیزه سیاسی و جلوگیری از انتقاد از پوتین بود. برخی منابع خبری گزارش دادند که او بر اثر لخته شدن خون درگذشت.
ناوالنی اوایل دی ماه سالجاری بعد از حدود سه هفته بی خبری، در زندانی «بالاتر از مدار قطب شمال» در سیبری پیدا شد. او به اتهام «افراط گرایی» به ۱۹ سال زندان محکوم شده بود و مشغول گذراندن دوره محکومیت خود بود.
اپوزیسیون روسیه و نهادهای حقوق بشری از حکم طولانی مدت برای او به عنوان بخشی از تلاش دولت ولادیمیر پوتین برای سرکوب و خاموش کردن صدای مخالفان یاد میکردند. خبرگزاری تاس نیز خبر داد که ولادیمیر پوتین، رئیسجمهور، در جریان مرگ الکسی ناوالنی قرار گرفته است.
منطقهای که الکسی ناوالنی در آن زندانی بود به خاطر زمستانهای سخت و طولانی اش شهرت دارد و حدود صد کیلومتر با ورکوتا، یکی از بدترین مجموعه اردوگاههای کار اجباری «گولاگ» در دوران شوروی، فاصله دارد. یکی از مشاوران ناوالنی در شبکه ایکس نوشته بود که ورود به منطقه زندان و حتی نامه فرستادن «تقریبا محال» است و «این بالاترین سطح منزوی کردن از جهان است».
ناوالنی در سال ۱۳۹۹ از مسمومیت با گاز نوویچوک جان سالم به در برده بود. او روز ۲۹ مرداد ۹۹ بعد از آنکه در پروازی از شهری در سیبری به مسکو از حال رفت، در بیمارستان بستری شد، و سپس به آلمان منتقل شد تا به دلیل مسمومیت با گاز اعصابِ «نوویچوک» درمان شود.